首先，生物有机肥施入土层不易过深
。由于生物有机肥是依赖其微生物活性来剖析有机质的，其活性在一定的温度、湿度、透气性、有机物质的条件下才华实现
。施入太深，会影响生物肥活性
。

其次，生物有机肥施用时也不宜与简单化肥混施
。简单化肥因其因素简单，且酸碱水平差别，若是大宗施用，势必影响生物有机肥的生物活性
。因此，生物有机肥宜单独施用
。

另外，生物有机肥穴施更主要，特殊是茄果类蔬菜，重茬征象不可阻止
。纵然补施了一些生物肥、微肥，由于受温度、湿度、透气性、有机质等条件的影响，再加上幼苗根弱的缘故原由，很难快速施展作用
。若是穴施生物有机肥，一方面可快速增进活跃土壤，提高土壤透气性，增进根系快速生长发育；另一方面，可缓解因有机肥腐熟不完全、化肥没剖析形成养分的空缺，实时供应根系养分，给根系一个优异的生长情形，增进团根早形成
。